1906 wurde zunächst mit dem Bau eines „Gartenhauses“ begonnen, das heute den Ostteil des Hauses darstellt.
1908-1910 wurde der imposantere Teil des Hauses mit dem kirchenschiffartigen Eingang und Treppenhaus sowie dem Turm als „Erweiterungsprojekt zum Gartenhaus“ erbaut

1910 bis 1925 wohnte Familie Binder mit Ihren Bediensteten in dem Haus
Während dieser Zeit veranstaltete Prof. Binder zahlreiche Feste und Konvente mit der Familie sowie Verbindungstudenten.

Ab 1929 wohnten vermehrt Untermieter im Haus, um von den Einnahmen den Lebensunterhalt der Familie zu decken.

1949 flüchtete die Familie vor der russischen Besatzung in den westlichen Teil Deutschlands.

1949 Die Binderburg geht in staatlichen Besitz über und wird von der Wohnungsverwaltung Jena an verschiedene Mieter vermietet.

1950-1990 verfällt die Bausubstanz zusehend, die Fassade erodiert. Die alten farbigen Wandfassungen und Ornamente sowie Säulen und Kapitelle im Inneren werden übermalt. In den 70-er Jahren wird das Turmdach wegen Baufälligkeit abgerissen und durch ein provisorisches Flachdach ersetzt. In dieser zeit tun sich an der Südfassade, die zum Felshang zeigt, mehrere Risse auf, die laut Gutachten auf Felsverschiebungen zurückgeführt werden.

1990 nach der politischen Wende, wird die Binderburg wieder an die Erbengemeinschaft der Familie Binder zurückgegeben.

Da die Familie, die heute in den westlichen Bundesländern beheimatet ist, die Sanierung nicht selbst vornehmen kann, steht die Binderburg seit etwa 1997 zum Verkauf.

2003 erwirbt der Jenaer Physiker Dr. Michael Willsch die Binderburg von der Erbengemeinschaft, die im Wesentlichen aus den 3 Enkeln von Prof. Binder besteht.

2003-2004 werden die Risse in der Südfassade, die sich bereits vom Keller bis zum Dach zogen und ca. 10cm aufgegangen waren, zumeist in Eigenleistung saniert. Dazu wird das Haus im gesamten Rissbereich mit einer massiven Holzkonstruktion ausgesteift. Die Wand wird eingerüstet und jeder der zum Teil behauenen Steine mit einer Nummer versehen und dokumentiert. Danach wird die Mauer im schadhaften Teil bis auf das Fundament abgebaut und die Steine sichergestellt. Auf ein neues Fundament, das mit der intakten Mauer verbunden ist, wird die Mauer Stein für Stein anhand von Fotos, alten Bauzeichnungen und der Nummerierung wieder aufgebaut. Kaputte Säulen und Kapitelle werden von Steinmetzen neu wieder hergestellt.

2004 wird das provisorische Turmdach samt Turmzinnen abgetragen. Die Zinnen werden neu aufgemauert und das Turmdach wird als begehbares Flachdach ausgeführt. Das Turmtreppenhaus erhält ein neues 8-eckiges Spitzdach mit einem Ausstieg auf den Turm. Die gesamte Turmfassade wir neu verfugt.

Vom 20.-27. August 2004 findet das 1. Bildhauersymposium „Ausgrabungen“ in und um die Binderburg herum statt.

2005 Diverse Instandsetzungsarbeiten und Schönheitsreparaturen werden durchgeführt, die Renovierung der alten Fenster, Freilegen der alten Farbfassungen, Verputzen der Wände uvm.

Vom 20.-27. August 2005 findet das 2. Bildhauersymposium „Versuchungen mit einem abschließenden Kunstfest mit über 1000 Besuchern statt.